Gimnazjum powstało na mocy uchwały podjętej przez Radę Gminy w Godkowie dnia 27 lutego 1999 roku.

Przez pierwsze 3 lata siedzibę szkoły stanowił budynek Szkoły Podstawowej im. Bohaterów Westerplatte w Godkowie. Pierwszy rocznik, który po ukończeniu 6 klas szkoły podstawowej, rozpoczął naukę w 3 letnim gimnazjum, stanowiło 54 uczniów podzielonych na 2 oddziały klasowe.

W 2002 roku uchwałą Rady Gminy jako siedzibę szkoły wyznaczono budynek Szkoły Podstawowej w Dobrym, w którym gimnazjaliści realizują naukę do dziś. Warto pamiętać, że pierwszy dzwonek w tej szkole zabrzmiał 16 listopada 1987 roku. Wtedy uczniowie rozpoczęli naukę w przestronnych, jasnych salach lekcyjnych. Zajęcia wychowania fizycznego odbywały się na korytarzu szkolnym. Dnia 10 marca 1988 roku do użytku została oddana dobrze wyposażona w sprzęt hala gimnastyczna. W chwili obecnej, w odpowiedzi na potrzeby uczniów i zmieniającej się rzeczywistości, szkoła dysponuje także nowoczesną salą informatyczną.

Pierwszym dyrektorem Gimnazjum był Pan mgr inż. Adam Gródkowski, który sprawował swoją funkcję od 1 września 1999 roku do 31 sierpnia 2006 roku. Po nim, do dnia 31 sierpnia 2011 roku stanowisko dyrektora piastował Pan mgr Tadeusz Milewski. Od 1 września 2011 roku dyrektorem szkoły jest Pani mgr Jadwiga Bogdaniuk.

W chwili obecnej gimnazjum liczy 3 oddziały. Zatrudnionych jest 10 nauczycieli. Dzięki usytuowaniu budynku w malowniczym otoczeniu przyrody i stosunkowo niewielkiej liczbie uczniów, szkoła nosi miano szkoły bezpiecznej, w której nie ma miejsca na anonimowość, a każdy uczeń ma szansę na podmiotowe traktowanie. Szkoła dba o zapewnienie uczniom alternatywy spędzania czasu wolnego. W szkole realizowany był 2-letni projekt unijny, którego celem było podniesienie jakości kształcenia i wychowania. Uczniowie mieli możliwość uczestniczenia w zajęciach pozalekcyjnych, wyjazdach do kina, teatru, na basen,a także w wycieczkach krajoznawczych, konkursach przedmiotowych i poza przedmiotowych.